SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta adalah sebuah institusi pendidikan yang berkomitmen untuk menghasilkan generasi yang berkualitas dalam memakmurkan bumi dengan tingkat keimanan dan ketaqwaan yang tinggi. Sekolah ini juga memiliki komitmen pada kesempurnaan (keunggulan), risalah islamiyah di bidang pendidikan, ilmu pengetahuan, dan teknologi. Melalui visi dan misi yang jelas, SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta bertujuan untuk mencerdaskan kehidupan bangsa Indonesia dan menghasilkan lulusan yang mampu mengimplementasikan pengetahuan dan teknologi untuk kepentingan bersama.

Visi sekolah ini adalah untuk menciptakan generasi yang berkualitas dalam memakmurkan bumi dengan tingkat keimanan dan ketaqwaan yang tinggi, serta memiliki komitmen pada kesempurnaan (keunggulan), risalah islamiyah di bidang pendidikan, ilmu pengetahuan, dan teknologi. Dalam visi ini, SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta ingin menciptakan lulusan yang mampu menjadi rahmat bagi alam semesta dan mendukung cita-cita luhur dan suci bangsa Indonesia.

Misi dari SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta adalah sebagai berikut:
1. Menegakkan wahyu Ilahi dan sunnah nabi sebagai sumber kebenaran mutlak serta rahmat bagi alam semesta. Dalam misi ini, sekolah ini ingin menanamkan nilai-nilai agama kepada siswa-siswinya sehingga mereka dapat hidup dengan penuh keberkahan dan keberlimpahan.
2. Mendukung cita-cita luhur dan suci bangsa Indonesia dalam mencerdaskan kehidupan bangsa. Dalam misi ini, sekolah ini ingin berperan aktif dalam mencerdaskan kehidupan bangsa dan turut serta dalam membangun Indonesia yang lebih baik.
3. Membentuk manusia muslim yang bertaqwa, berakhlaq, terampil, berilmu amaliah, dan beramal ilmiah dengan pengabdian tinggi yang ditompang oleh ilmu pengetahuan dan teknologi. Dalam misi ini, sekolah ini ingin menghasilkan lulusan yang tidak hanya memiliki pengetahuan akademik yang baik, namun juga memiliki karakter yang kuat dan berlandaskan nilai-nilai agama.

SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta juga menyediakan berbagai fasilitas yang membantu siswa dalam proses belajar-mengajar. Beberapa fasilitas yang tersedia di SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta antara lain adalah:
1. Ruang kelas yang representatif. Ruang kelas yang nyaman dan representatif merupakan salah satu faktor penting dalam menciptakan lingkungan belajar yang kondusif.
2. Mushola. Mushola merupakan tempat ibadah bagi siswa-siswi yang ingin melaksanakan shalat dan beribadah lainnya.
3. Laboratorium IPA (Biologi, Fisika, Kimia). Laboratorium ini digunakan untuk praktikum dalam bidang ilmu pengetahuan alam, seperti biologi, fisika, dan kimia.
4. Laboratorium IPS. Laboratorium IPS digunakan untuk praktikum dalam bidang ilmu pengetahuan sosial, seperti geografi, sejarah, dan ekonomi.
5. Laboratorium Matematika. Laboratorium ini digunakan untuk praktikum dalam bidang matematika.
6. Laboratorium Al-Islam. Laboratorium ini digunakan untuk praktikum dalam bidang agama Islam.
7. Laboratorium Bahasa. Laboratorium ini digunakan untuk praktikum dalam bidang bahasa, seperti bahasa Indonesia dan bahasa Inggris.
8. Laboratorium Komputer Tingkat Dasar dan Tingkat Lanjut. Laboratorium ini dilengkapi dengan perangkat komputer yang memadai untuk mendukung proses pembelajaran siswa dalam bidang teknologi informasi dan komunikasi.
9. Ruang Audio Visual. Ruang ini digunakan untuk kegiatan presentasi, pemaparan materi, dan kegiatan lainnya yang membutuhkan penggunaan audio dan visual.
10. Sarana Olah Raga. SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta memiliki berbagai sarana olahraga, seperti lapangan basket, lapangan voli, lapangan bulu tangkis, dan fasilitas panjat dinding.
11. Ruang Kesehatan / Poliklinik Umum dan Gigi. Ruang kesehatan ini digunakan untuk memberikan pelayanan kesehatan kepada siswa-siswi yang membutuhkannya.
12. Perpustakaan. Perpustakaan yang lengkap dengan berbagai koleksi buku dan referensi akan membantu siswa dalam menambah pengetahuan dan meningkatkan minat membaca.
13. Gedung Serba Guna. Gedung serba guna ini digunakan untuk berbagai kegiatan ekstrakurikuler, seperti pertemuan, seminar, dan pementasan seni.
14. Asrama Putri. Asrama putri ini menyediakan tempat tinggal bagi siswa-siswi yang berasal dari luar kota atau luar pulau.
15. Kantin dan Toko. Kantin dan toko yang tersedia di SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta menyediakan berbagai kebutuhan makanan dan minuman bagi siswa-siswi.

Selain fasilitas yang memadai, SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta juga menyediakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler yang dapat diikuti oleh siswa-siswinya. Beberapa ekstrakurikuler yang tersedia di SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta antara lain adalah:
1. Seni Musik. Ekstrakurikuler seni musik ini membantu siswa-siswi yang memiliki minat dan bakat di bidang musik untuk mengembangkan kemampuannya.
2. Seni Baca Al-Quran. Ekstrakurikuler seni baca Al-Quran ini membantu siswa-siswi dalam mempelajari dan menghafal Al-Quran dengan baik.
3. Seni Rupa. Ekstrakurikuler seni rupa ini membantu siswa-siswi yang memiliki minat dan bakat di bidang seni rupa untuk mengembangkan kreativitas dan kemampuan mereka.
4. Basket. Ekstrakurikuler basket ini membantu siswa-siswi yang memiliki minat dan bakat di bidang olahraga basket untuk mengembangkan kemampuannya.
5. Voli. Ekstrakurikuler voli ini membantu siswa-siswi yang memiliki minat dan bakat di bidang olahraga voli untuk mengembangkan kemampuannya.
6. Kelompok Ilmiah Remaja (KIR). Ekstrakurikuler KIR ini membantu siswa-siswi yang memiliki minat di bidang ilmu pengetahuan dan teknologi untuk mengembangkan pengetahuan dan keterampilan mereka.
7. Conversation (BEC). Ekstrakurikuler conversation ini membantu siswa-siswi dalam mengembangkan kemampuan berbicara dalam bahasa Inggris.
8. Hisbul Wathan. Ekstrakurikuler Hisbul Wathan ini membantu siswa-siswi dalam mengembangkan kecintaan mereka terhadap alam dan lingkungan.
9. Komputer. Ekstrakurikuler komputer ini membantu siswa-siswi dalam mengembangkan kemampuan di bidang teknologi informasi dan komunikasi.
10. Pencak Silat Tapak Suci. Ekstrakurikuler pencak silat Tapak Suci ini membantu siswa-siswi dalam mengembangkan kemampuan bela diri dan disiplin diri.
11. Palang Merah Remaja. Ekstrakurikuler Palang Merah Remaja ini membantu siswa-siswi dalam mengembangkan kepedulian dan keterampilan di bidang kesehatan dan pertolongan pertama.
12. Pecinta Alam (BHC). Ekstrakurikuler pecinta alam ini membantu siswa-siswi dalam mengembangkan kecintaan dan pengetahuan mereka terhadap alam.
13. Peleton Inti (Pabhama). Ekstrakurikuler peleton inti ini membantu siswa-siswi dalam mengembangkan kemampuan kepemimpinan dan kedisiplinan.
14. Teater (Basthema). Ekstrakurikuler teater ini membantu siswa-siswi yang memiliki minat dan bakat di bidang seni peran untuk mengembangkan kemampuan mereka.
15. Fotografi. Ekstrakurikuler fotografi ini membantu siswa-siswi yang memiliki minat dan bakat di bidang fotografi untuk mengembangkan kemampuan mereka.

Dengan fasilitas yang memadai dan berbagai kegiatan ekstrakurikuler yang tersedia, SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta memberikan kesempatan kepada siswa-siswinya untuk mengembangkan potensi diri mereka secara maksimal. Melalui pendekatan pendidikan yang holistik, sekolah ini tidak hanya fokus pada aspek akademik, namun juga pada aspek moral, karakter, dan kepribadian siswa. Dengan demikian, lulusan SMA Muhammadiyah 2 Yogyakarta diharapkan dapat menjadi generasi yang berkualitas dan mampu memberikan kontribusi positif bagi masyarakat dan bangsa Indonesia.