Rumah Ibadah yang terdapat di Yogyakarta antara lain adalah Gereja HKBP Kotabaru yang terletak di Jalan I Dewa Nyoman Oka No. 22 – Kotabaru Yogyakarta – Indonesia. Selain itu, terdapat juga Masjid Al Fath yang berada di Jl Seturan Baru RT 004/01, Caturnunggal, Depok, Yogyakarta. Vihara Buddha Prabha juga menjadi salah satu tempat ibadah di Yogyakarta yang terletak di Jl. Brigjen Katamso No. 3 Yogyakarta INDONESIA 55121.

Selanjutnya, Masjid Anwar Rasyid STPMD dapat ditemukan di Jl Timoho 317, Baciro, Gondokusuman, Yogyakarta. Sementara itu, Gereja Baciro berada di Jl. Melati Wetan No. 47, Baciro, Yogyakarta 55225. Gereja Kristen Sawo Kembar Yogyakarta terletak di Jalan Dr. Wahidin Sudiro Husodo, depan Universitas Kristen Duta Wacana.

Masjid Syuhada Yogyakarta berada di Jalan I Dewa Nyoman Oka No. 13 Kotabaru Yogyakarta INDONESIA 55224. Selain itu, terdapat juga Masjid Tawakal yang berlokasi di Jl Plemburan Gg Cucak Rowo 8, Sindudadi, Mlati, Yogyakarta. Masjid Ainun Jaariyah dapat ditemukan di Jl Wates Km 3,5, Ngestiharjo, Kasihan, Yogyakarta. Sedangkan, Masjid Ukhuwah Islamiah terletak di Jl Demangan Bl GK-1/271, Demangan, Gondokusuman, Yogyakarta.

Semua rumah ibadah tersebut menyediakan tempat untuk umat beribadah dan menggelar kegiatan keagamaan.