Periode Pajang
Latar Belakang Kerajaan Pajang
Pada tahun 1568 – 1586, setelah periode Demak di pulau Jawa bagian tengah, berdiri Kerajaan Pajang yang diperintah oleh Sultan Hadiwijaya, yang juga dikenal dengan nama Jaka Tingkir. Beliau berhasil muncul sebagai pemenang dalam pertikaian dengan Adipati dari Jipang bernama Arya Penangsang, berkat bantuan dari beberapa orang panglima perangnya, termasuk Ki Ageng Pemanahan dan putra kandungnya yang bernama Bagus Sutawijaya. Dalam balas jasa kepada Ki Ageng Pemanahan dan puteranya itu, Sultan Pajang memberikan anugerah sebidang daerah yang disebut Bumi Mentaok, yang awalnya merupakan hutan belantara, dan kemudian dibangun menjadi sebuah “tanah perdikan”.
Pendirian Kerajaan Mataram
Setelah Kerajaan Pajang runtuh, Bagus Sutawijaya yang juga menjadi putra angkat Sultan Pajang, kemudian mendirikan Kerajaan Mataram di atas Bumi Mentaok dan mengangkat diri sebagai Raja dengan gelar Panembahan Senapati. Salah satu putra Bagus Sutawijaya dari pernikahannya dengan Retno Dumilah, putri Adipati Madiun, kemudian memerintah Kerajaan Mataram sebagai Raja ketiga dengan gelar Sultan Agung Hanyokrokusumo. Beliau terkenal sebagai seorang patriot sejati yang berhasil merebut kota Batavia, yang kini dikenal sebagai Jakarta, dari kekuasaan VOC, organisasi dagang Belanda pada masa itu.
Perlawanan terhadap Belanda
Selama pemerintahan Sultan Agung Anyakrawati, Mataram terus berusaha untuk melawan kekuasaan Belanda. Namun, upaya perluasan ke wilayah barat terhalang oleh kekuatan Belanda di Batavia. Meskipun Mataram mencoba menyerang Belanda melalui darat dan laut, upaya ini tidak berhasil. Pasukan Mataram yang dipimpin oleh Tumenggung Baurekso mencoba membangun benteng dari bambu di Marunda, Cilincing. Namun, VOC membakar kampung di sekitarnya agar mudah mengawasi gerakan pasukan Mataram. Selain itu, pasukan Mataram juga gagal dalam upaya mereka untuk menggali parit ke benteng dan memanjat dinding benteng. VOC kemudian menyerang balik dan Tumenggung Baurekso beserta pasukannya gugur.
Namun, perlawanan terhadap Belanda tidak berhenti di situ. Tumenggung Suro Agul-Agul, Kiai Dipati Madingo, dan Kiai Dipati Upasonto datang membantu Mataram dalam perlawanan mereka terhadap Belanda. Untuk mengalahkan VOC, tentara Mataram membendung kali Ciliwung. Namun, wabah penyakit menyebar di benteng VOC dan tentara Mataram juga terkena dampaknya, sehingga mereka mengalami kekurangan makanan dan terkena malaria. Dalam serangan kedua mereka, Mataram menyiapkan logistik dan menempatkan lumbung di Tegal dan Cirebon. Namun, Belanda mengetahui hal ini dan membakar lumbung tersebut. Meskipun Benteng Hollandia berhasil direbut oleh Mataram, serangan ke Bommelin gagal. Dalam pengepungan kota Mataram, J.P. Coen, pemimpin VOC, meninggal karena kolera. Akhirnya, Mataram gagal merebut Batavia karena kekurangan logistik.
Amangkurat I dan II, yang merupakan Sunan Mataram, memberikan izin kepada Belanda untuk berdagang di semua bandar Mataram. Bandar Semarang dan Priangan diberikan kepada Belanda.
Masa Kejayaan Mataram di Bawah Sultan Agung
Di bawah pemerintahan Sultan Agung, Mataram mengalami masa kejayaan. Ibukota kerajaan Kotagede dipindahkan ke Kraton Plered. Sultan Agung adalah seorang raja yang menyadari pentingnya kesatuan di seluruh tanah Jawa. Ia berhasil menaklukkan daerah pesisir seperti Surabaya dan Madura agar tidak membahayakan kedudukan Mataram. Sultan Agung juga terkenal karena perjuangannya melawan Belanda yang hadir lewat kongsi dagang VOC. Pada masa ini, kekuasaan Mataram meliputi hampir seluruh Jawa, dari Pasuruan sampai Cirebon. Sementara itu, VOC telah menguasai beberapa wilayah di Batavia dan Indonesia Bagian Timur.
Selain dalam bidang politik dan militer, Sultan Agung juga memperhatikan bidang ekonomi dan kebudayaan. Ia memindahkan penduduk Jawa Tengah ke Kerawang, Jawa Barat, yang memiliki sawah dan ladang yang luas. Sultan Agung juga berusaha menggabungkan unsur-unsur kebudayaan Indonesia asli dengan Hindu dan Islam. Misalnya, Garebeg disesuaikan dengan hari raya Idul Fitri dan hari kelahiran Nabi Muhammad SAW. Selain itu, Sultan Agung juga menciptakan tahun Saka dan kitab filsafat Sastra Gendhing.
Pada tahun 1645, Sultan Agung meninggal dan meninggalkan Mataram dalam keadaan yang kokoh, aman, dan makmur. Ia digantikan oleh putranya, Amangkurat I, yang pemerintahannya diwarnai dengan banyak pembunuhan dan kekejaman. Pada masa pemerintahannya, ibukota kerajaan Mataram dipindahkan ke Kerta.
Perang Trunajaya dan Perpecahan Mataram
Pada tahun 1674, pecahlah Perang Trunajaya yang didukung oleh para ulama dan bangsawan, termasuk putra mahkota sendiri. Ibukota Kerta jatuh dan Amangkurat I melarikan diri untuk mencari bantuan VOC. Namun, pada perjalanannya, Amangkurat I jatuh sakit dan akhirnya meninggal. Ia digantikan oleh putra mahkota yang bergelar Amangkurat II atau dikenal juga sebagai Sunan Amral. Pada pemerintahannya, Amangkurat II sangat tunduk kepada VOC demi mempertahankan tahtanya. Perang Trunajaya berhasil dibunuh oleh Amangkurat II dengan bantuan VOC, dan sebagai kompensasinya, VOC menghendaki perjanjian yang berisi bahwa Mataram harus menggadaikan pelabuhan Semarang dan mengganti kerugian akibat perang.
Setelah Mataram mengalami periode perang dan perjuangan yang panjang, pada tahun 1755 terjadi Perjanjian Ginyanti yang membagi Kerajaan Mataram menjadi dua. Kerajaan Surakarta Hadiningrat dipimpin oleh putra Sunan Paku Buwono ke-III, sedangkan Kerajaan Yogyakarta Hadiningrat dipimpin oleh adik kandungnya yang kemudian bergelar Sultan Hamengku Buwono I. Dengan demikian, Mataram berubah menjadi dua kerajaan yang saling berdiri sendiri, yaitu Kerajaan Surakarta dan Kerajaan Yogyakarta.
Pada tahun 1813, Sultan Hamengku Buwono I dari Yogyakarta menyerahkan sebagian wilayah kerajaannya di sebelah Barat sungai Progo kepada putranya yang bernama Pangeran Notokusumo. Pangeran Notokusumo kemudian bergelar Sri Paku Alam I dan memerintah di daerah tersebut dengan kedaulatan penuh. Setelah Proklamasi Kemerdekaan RI, Sri Paku Alam I menyatakan dukungannya terhadap Negara Republik Indonesia sebagai bagian dari negara persatuan. Hingga saat ini, wilayah tersebut dikenal sebagai Daerah Istimewa Yogyakarta.